糞便、動植物殘體（包括風化煤）、污泥、生活垃圾。一般來說，污泥制肥和生活垃圾制肥的市場價格是最低的。目前國家也正對這兩種原料進行限制使用，并在肥料登記證申辦時進行審核，并禁止污泥制肥，而糞便制肥和植物殘體制肥較受投資者青睞。

小規模的、半生產式的也就是灌裝的沒有原料的有機肥料生產企業占了系統有機肥料生產企業一半以上。一是他們有機肥的發酵和除臭工藝不夠健全技術支撐不夠，他們把生產商品有機肥等同于農民自制農家肥（技術指標經常達不到行業標準），只作簡單的堆漚。有的甚至是將幾種原料簡單的混配，就把未腐熟或未完全腐熟的有機肥賣給農民，沒有必備的生產設備，也沒有檢測，生產技術極其低下。

　　目前的有機肥標準中，關于有機肥的定義涉及到發酵腐熟這一個詞，但整個有機肥標準中卻沒有腐熟的鑒定標準，全憑企業主觀判定，留下一個真空地帶。例如，新鮮雞糞曬干就賣給種植戶，只要證件齊全，按有機肥料標準檢測也是合格的，但用了易出問題。腐熟就是有機肥生產中的重中之重，這里涉及到一系列的生產工藝和發酵菌種。

個別還會出現減產燒苗等問題，這對農戶對是否值得繼續使用有機肥打上了一個大大的問號。還有有不少肥料企業標明有機肥可以灑施追肥，但追肥不覆土，發揮不了肥料應有的作用。有些有機肥用到地里，還能發熱甚至發臭，有的惹來各種有害生物，有的直接導致作物萎蔫死亡，有的導致葉片黃化，有的剛拆開肥料袋就能聞到惡臭甚至未開袋就能在農資店聞到惡臭……

　　這些問題，直接導致種植戶心寒。有機肥因使用量少、質量參差不齊，大部分很難起到應有的作用。